Российские учёные составили атлас 11 штаммов коронавируса

В момент заражения коронавирусом и вообще появления внутри нас чего-то болезнетворного иммунитет одновременно запускает два процесса. Один — выработка антител, строго подходящих конкретно под этот патоген. Они к нему прикрепляются и делают его бессильным. Это называется гуморальным иммунитетом. По сути, вроде производства высокоточного оружия.

А другой процесс — это война врукопашную: клетки лично вступают в бой. Соответственно, это иммунитет клеточный. Но дело в том, что врага надо знать в лицо. И во всё остальное. А для этого есть у нас, например, такие клетки, которые просто-напросто проглатывают нечто чужеродное, расчленяют это у себя внутри, а затем устраивают на своей поверхности выставку трофеев: мол, смотрите, вот такие у него имеются штуки. Антигенпрезентирующие клетки. На презентацию приходят бойцы — Т-клетки, представители двух разных профессий: убийцы и помощники. И те и другие запоминают показанные им зловредные запчасти и с этим фотопортретом отправляются на задание. Киллеры распознают занятые врагом клетки — и немедленно уничтожают всё это логово целиком. А помощники дополнительно распространяют информацию об особых приметах преступников среди киллеров и тех клеток, которые производят антитела, — B-лимфоцитов.

Так вот, чтобы такие полезные выставки происходили, на поверхности клеток – организаторов презентаций есть особые молекулы — HLA, расшифровывается как "человеческие лейкоцитарные антигены". Они, так скажем, хватаются за — в данном случае коронавирусные — белки и тянут их к себе для тщательного изучения. Вообще, они есть на поверхности многих клеток, особенно часто встречаются на лейкоцитах, отсюда и название. И главная функция у них одна и та же — держать при себе фрагменты вражеских белков и таким образом сообщать всем, как выглядят интервенты.

У разных HLA-молекул разные способности, при этом у каждого человека их индивидуальный набор. Но есть какие-то самые распространённые варианты. Вот их и взяли за основу учёные из Национального исследовательского университета Высшей школы экономики. Они хотели посмотреть, как эти HLA справляются с мутантными ковидными белками. Проанализировали их взаимодействие с 11 штаммами SARS-Cov-2, начиная с британской "альфы" и заканчивая перуанской "лямбдой". Напомним, географические наименования означают страну, где их впервые выявили. Таким образом удалось сопоставить взаимодействие сотен вариаций HLA с десятками тысяч разнообразных вирусных белков. Получилась чуть ли не целая энциклопедия. Исследователи назвали её атласом T-клеток CoViD-19. Там про каждый штамм подробно расписано всё: сколько мутаций, какие это именно мутации и как их воспринимают "хватательные" HLA-молекулы. В каких-то случаях им хуже удаётся взяться за видоизменённый вирусный белок, такая тенденция обозначена в атласе синим цветом. А в других случаях наоборот, становится намного удобнее, это окрашено в оранжевый.

К примеру, у "альфы" по сравнению с исходным уханьским ковидом имеется 20 белковых мутаций, в том числе девять — в знаменитом Spike-белке. Известно, что именно трансформации "шипа" больше всего опасаются, поскольку это коронавирусный "крючок", который и делает его таким "репейником". И выяснилось, что из-за всех этих видоизменений у одной HLA-молекулы стали плохи дела с привязыванием к себе 80 с лишним вирусных белков.

А, скажем, в случае индийской дельты ситуация такая: 18 мутаций в общей сложности, среди них пять "спайковых". И это привело к тому, что молекула с кодовым названием HLA-A*02:11 стала хуже воспринимать 13 вирусных белков, зато 58 белков стала воспринимать лучше.

И сопоставив таким образом всё вместе, учёные пришли к выводу, что в общем и целом картина по клеточному иммунитету складывается довольно благоприятная.

— Наше исследование не нашло ни одного варианта генотипа HLA, на который бы существенно негативно влияли бы вирусные мутации, существенным образом. Это означает, что даже в условиях сниженной эффективности антител Т-клеточный иммунитет продолжает эффективно работать, — заявил декан факультета биологии и биотехнологии НИУ ВШЭ Александр Тоневицкий.

В то же время учёные уверены, что энциклопедия ковидных мутаций будет продолжать пополняться, и пообещали добавлять в свой атлас данные по каждому следующему штамму. А кроме того, в конце их научной статьи говорится, что успешная работа HLA всё же не гарантирует того, что киллеры и помощники как следует обучатся опознавать противника.